Planlama, Programlama ve Koordinasyon Biriminin görev ve yetkileri şunlardır:
- Bölge planı ve programları ile uyumlu olarak sağlanacak desteklerin çerçevesini oluşturmak, zamanlamasını ve mali desteklerin bütçe dağılımını planlamak,
- Yıllık çalışma programı ve bütçe içinde verilmesi planlanan destekler için ayrılacak tutarların belirlenmesine ilişkin çalışma yapmak,
- Bölge ile ilgili veriler toplamak, güncellemek ve veritabanları oluşturmak,
- Ulusal kalkınma planına uygun olarak Bölge Planı/Ön Bölgesel Gelişme Planını paydaşların katılımı ile hazırlamak,
- Ajansın destek stratejilerinin belirlenmesinde Bölge Planı ve ulusal üst ölçekli planlarla uyumluluğunun sağlanması için Proje Yönetim Birimi ile birlikte çalışmak,
- Ulusal düzeyde yatırım programlarını incelemek ve takip etmek,
- Ekonomik, sosyal ve kültürel gelişmeyi hızlandırmaya, çevresel şartları iyileştirmeye, bölge potansiyelini harekete geçirmeye, bölgeler arası ve bölge içi gelişmişlik farklarını azaltmaya ve rekabet gücünü artırmaya yönelik araştırmalar yapmak ve/veya yaptırmak, bu araştırmaları yapanlara destek olmak,
- Yerel aktörlerin katılımı ile sektörel ve mekânsal analizler yapmak,
- Bölge Planına uygun olarak operasyonel programlar hazırlamak,
- Tüm birimlerin çalışma program ve bütçelerinin konsolide edilmesini sağlayarak Ajansın yıllık çalışma programı ve bütçe önerisini hazırlamak,
- Ajansın altı aylık ara raporlarını ve yıllık faaliyet raporlarını hazırlamak,
- Yerel yönetimlerin planlama çalışmalarına destek sağlamak,
- Kamu kesimi, özel kesim, sivil toplum kuruluşları ve yerel yönetimler tarafından yürütülen projeleri bölge plan ve programları açısından uygun şekilde yürütülmesi için yönlendirmelerde bulunmak,
- Bölgeye yönelik araştırma sonuçlarının yayınlanmak üzere hazırlamak,
- Yatırım Destek Ofislerinden gelen verilerle yatırım alanlarının analizini yapmak,
- Ajansın İç Kontrol Sisteminin oluşturulması ve uygulanması için tüm birimlerinin koordinasyonunun sağlanması,
- Ajans faaliyetleri, malî yapısı ve diğer hususlarla ilgili internet sitesi, süreli yayın, broşür ve katalog düzenlemek ve güncellemek ve bu konuda Muhasebe ve Ödeme Birimi ile işbirliği halinde çalışmak,
- Ajans Mali Yönetim Yeterlilik kriterlerinin tüm birimler tarafından uygulanması için gerekli koordinasyonu sağlamak,
- Kalkınma Bakanlığı ve diğer kurumlar ile koordinasyonu sağlamak,
- Birimlerin ve Yatırım Destek Ofislerinin kurum içi iletişim ve koordinasyonunu sağlamak,
- BİMER (Başbakanlık İletişim Merkezi) İşlemlerinin takibini yapmak.