Planlama, Programlama ve Koordinasyon Biriminin görev ve yetkileri şunlardır:

• Bölge planı ve programları ile uyumlu olarak sağlanacak desteklerin çerçevesini oluşturmak, zamanlamasını ve mali desteklerin bütçe dağılımını planlamak,
• Yıllık çalışma programı ve bütçe içinde verilmesi planlanan destekler için ayrılacak tutarların belirlenmesine ilişkin çalışma yapmak,
• Bölge ile ilgili veriler toplamak, güncellemek ve veritabanları oluşturmak,
• Ulusal kalkınma planına uygun olarak Bölge Planı/Ön Bölgesel Gelişme Planını paydaşların katılımı ile hazırlamak,
• Ajansın destek stratejilerinin belirlenmesinde Bölge Planı ve ulusal üst ölçekli planlarla uyumluluğunun sağlanması için Proje Yönetim Birimi ile birlikte çalışmak,
• Ulusal düzeyde yatırım programlarını incelemek ve takip etmek,
• Ekonomik, sosyal ve kültürel gelişmeyi hızlandırmaya, çevresel şartları iyileştirmeye, bölge potansiyelini harekete geçirmeye, bölgeler arası ve bölge içi gelişmişlik farklarını azaltmaya ve rekabet gücünü artırmaya yönelik araştırmalar yapmak ve/veya yaptırmak, bu araştırmaları yapanlara destek olmak,
• Yerel aktörlerin katılımı ile sektörel ve mekânsal analizler yapmak,
• Bölge Planına uygun olarak operasyonel programlar hazırlamak,
• Tüm birimlerin çalışma program ve bütçelerinin konsolide edilmesini sağlayarak Ajansın yıllık çalışma programı ve bütçe önerisini hazırlamak,
• Ajansın altı aylık ara raporlarını ve yıllık faaliyet raporlarını hazırlamak,
• Yerel yönetimlerin planlama çalışmalarına destek sağlamak,
• Kamu kesimi, özel kesim, sivil toplum kuruluşları ve yerel yönetimler tarafından yürütülen projeleri bölge plan ve programları açısından uygun şekilde yürütülmesi için yönlendirmelerde bulunmak,
• Bölgeye yönelik araştırma sonuçlarının yayınlanmak üzere hazırlamak,
• Yatırım Destek Ofislerinden gelen verilerle yatırım alanlarının analizini yapmak,
• Ajansın İç Kontrol Sisteminin oluşturulması ve uygulanması için tüm birimlerinin koordinasyonunun sağlanması,
• Ajans faaliyetleri, malî yapısı ve diğer hususlarla ilgili internet sitesi, süreli yayın, broşür ve katalog düzenlemek ve güncellemek ve bu konuda Muhasebe ve Ödeme Birimi ile işbirliği halinde çalışmak,
• Ajans Mali Yönetim Yeterlilik kriterlerinin tüm birimler tarafından uygulanması için gerekli koordinasyonu sağlamak,
• Kalkınma Bakanlığı ve diğer kurumlar ile koordinasyonu sağlamak,
• Birimlerin ve Yatırım Destek Ofislerinin kurum içi iletişim ve koordinasyonunu sağlamak,
• BİMER (Başbakanlık İletişim Merkezi) İşlemlerinin takibini yapmak.